Emily Audouin a étudié la viole de gambe avec Danièle ALPERS, Paul ROUSSEAU et Christine PLUBEAU, avant de poursuivre sa formation dans la classe de Marianne MULLER au Conservatoire National Supérieur de Musique de Lyon.
Elle joue avec de nombreux ensembles dans des festivals internationaux et participe régulièrement à des enregistrements discographiques. Elle a joué sous la direction de nombreux chefs et privilégie depuis quelques années les ensembles en petite formation. Dédicataire d'œuvres contemporaines de Bruno GILET et Bruno MOYANO, elle a également été sollicitée par le compositeur Renaud BARBIER pour enregistrer la partie solo de la bande originale du film Vauban (Pascal Cuissot). Professeur d'enseignement artistique, elle a enseigné au Conservatoire de région d'Angers ainsi qu'à l'académie d'Ollans, et est actuellement professeur de viole de gambe en région parisienne (Juvisy-sur-Orge et Créteil).